Moctezuma menyediakan mahligai ayahnya Axayacatl untuk dijadikan tempat tinggal pihak Sepanyol dan kuncu-kuncu mereka berketurunan Indian. Cortés kemudiannya meminta lebih hadiah berbentuk emas untuk dihadiahkan kepada Raja Charles V. Beliau juga mengarahkan maharaja itu untuk membuang dua patung gergasi dari kuil piramid utama di dalam ibu kota itu serta mencucikan darah manusia yang telah menjadi korban. Tindak-tanduk ini telah membangkitkan kemarahan rakyat Aztek disana. Akhir sekali dalam satu perjumpaan sulit, Cortés dan La Malinche sebagai penterjemahnya telah meminta Moctezuma untuk menaikkan salib serta dua tempat pemujaan untuk Maryam dan St. Christopher menggantikan tempat patung-patung pujaan mereka. Walaupun maharaja itu mengikuti arahan beliau, Cortés telah menawan Moctezuma dalam mahligainya sendiri sebagai insuran dari pemberontakan puak Aztek.

Untuk menambahkan masalah, Cortés menerima berita buruk bahawa satu pasukan Sepanyol telah dihantar oleh Velázquez untuk menangkapnya kerana mengingkari perintahnya iaitu tidak menakluki negara Mexico. Beliau mengamanahkan pentadbiran ibu kota itu kepada leftenannya yang dipercayai iaitu leftenan Pedro de Alvarado. Lalu, dia dan askarnya bergerak ke arah expedisi Cuba dan menewaskan mereka yang dipimpin oleh Pánfilo de Narváez. Cortés kemudiannya mengkhabarkan kepada pihak yang kalah tentang ibu kota emas di Tenochtitlán, dan mereka bersetuju untuk menyertai tentera Cortés.

Apabila Cortés kembali ke ibu kota itu, beliau mendapati Alvarado dan askarnya telah membunuh secara beramai-ramai kesemua bangsawan Aztek dan mereka yang masih hidup telah menabalkan maharaja yang baru iaitu Cuitláhuac. Alvarado telah membuat demikian kerana menyangka upacara keagamaan mereka itu sebagai satu pemberontakan. Cuitláhuac kemudiannya mengarahkan perwiranya untuk mengepung mahligai yang diduduki oleh pihak Sepanyol dan Moctezuma. Cortés tiada pilihan lain dan terpaksa meminta Moctezuma untuk bercakap dianjung mahligai kepada rakyatnya dan mendesak mereka untuk membiarkan askar Sepanyol keluar secara aman. Namun demikian, rakyatnya yang sudah benci dengannya terutama sekali selepas mencemarkan agama mereka dengan menaikkan salib di kuil mereka dan juga pembunuhan yang diarahkan oleh Alvarado. Lalu merekapun mengejeknya dan membaling batu-batu besar kearahnya dan Moctezuma menerima kecederaan yang teruk dikepalanya. Cortés bersama-sama La Malinche cuba untuk berunding dengan puak yang menentangnya tetapi perundingan itu berakhir apabila maharaja itu mangkat dua minggu selepas itu pada 30 Jun, 1520.